В соответствии сп.4, ст. 68 ТК ТС
"Корректировка таможенной стоимости товаров и пересчет подлежащих уплате таможенных пошлин, налогов до и после выпуска товаров, а также срок их уплаты осуществляются в порядке и по формам, которые установлены решением Комиссии таможенного союза."
Комиссией таможенного союза утверждены только бланки КТД1 и КТД2.
Решение КТС № 255
http://www.tsouz.ru/KTS/KTS16/Pages/P2_255.aspx
В Приложении № 2 к данному решению предусмотрен шифр корректировки
№ 39 Корректировка сведений об исчислении таможенных платежей (графа 47 ДТ).
Так что, думаю надо заполнять КТД с изменённой 47 графой в КТД1 и 2 и графой В) в КТД1