Имхо, если на момент выпуска декларации, т.е. ввода продукции в обращение на территории ТС сертификат был действующим,выдан аккредитованной огранизацией и внесен в единый реестр, то печалиться не о чем. Единственная опасность - если контора была левой и была закрыта по причине неправомочности оформления СС. Но тут уже новый не поможет, т.к. декларация была выпущена по недействительному документу.
ПС. Таможня, как всегда, опередил(а)!