Есть такая программа, имени этого форума,
в ней в самом начале есть строка транспортные расходы, логично именно в неё забивать, а не отдельным товаром. Наверное это самое правильное.
В других программах должно быть подобное, поскольку формат документов предполагает одни и те же графы.
Предполагаю пофигу как забивать, думаю что туда смотрит 1 из 1000 инспекторов