Наверное, я крайне нехороший человек, поскольку во всех окружающих меня событиях пытаюсь отыскать наличие умысла на совершение действий, не поощряемых законодательством, поэтому не могу удержаться от высказывания сего соображения.
Начальный пост топикстартера
рождает во мне (да и не только во мне, в государевых органах, одним из которых является таможня, вероятно тоже) смутное чувство, что все действия имели своей конечной целью элементарнейший "выгон". Поэтому, скорее всего, таможня и "вызверилась".
Конечно, прямым текстом об этом Nikto никто не скажет, да и в акте камеральной проверки, естественное дело, об этом не напишут, но подоплёка произошедшего, как мне кажется, заключается именно в этом.

1.Характер документации по такому краткому описании скорее таков, что стоимость надо включать в ТС товара, так как это конструкторская а не строительная документация. В таком случае более чем глупо обозначать инжиниринг в контракте как услугу с подписанием акта. Два раза заплатите НДС.
Причем ( убедитесь у бухов ) - при оплате НДС таможне мы ставим его на вычет в налоговой декларации по строке 150 кажется, типовая ситуация не вызывающая вопросов ни у кого. А вот НДС удержанный за иностранца вроде( забывать уже все стал ) так же можно поставить на вычет, но процедура мутноватая, требующая определенного документооборота, это надо уметь. Более того встречались случаи когда налоговая говорит: Вы платили за иностранца, а не за себя, то есть плательщик иностранец и поэтому иностранец может получить эти деньги " взад", но для этого ему надо встать на налоговый учет в РФ " :D

2.Если выделять стоимость инжиниринга как услуги Вы хотели первоначально только !!! для того, что бы не платить НДС, но потом бухи Вас поправили, то что мешает вообще не выделять инжиниринг из стоимости товара.
То есть вообще не упоминать про инжиниринг ( лучше ) или написать. Цена товара включает..... разработку конструкторской документации


Так что мое предложение :
- указать стоимость товара без упоминания инжиниринга
- указать стоимость технической документации - 1000 Евро. ( отдельно заявлять по ДТ ).

p.s Учитывая многомиллионную экономию от моих "мыслей" рассчитываю на солидное вознаграждение :D

Еще раз спрошу.
Есть требование об уплате пошлины ?

.

Это тУрьма, коллега. Инжиниринг был и имел отношение к товару в части разработки проектной документации на товар. И он стоил не три копейки. Стоимость инжиниринга д.б. определена инвойсом и включена в там.стоимость товара. Забыть про инжиниринг означает сильно подставиться.
Второй момент. Вы о какой двойной оплате НДС говорите? Ее не будет. НДС начислят и оплатят один раз при выпуске товара во внутреннее потребление, т.к. стоимость услуг по проектированию будет распределена по стоимости товара.

Если почитаете мои сообщения, то на ты я общаюсь только с немногими из участников форма.
На Вы, причем с большой буквы, так как этому меня научили в свое время, практически со всеми.
Посему если Вы не знаете азов Русского языка - это минус Вам.
Если обращение по ситуации описанной Вами, из за обращения на Вы, воспринимаете как Вашу собственную ошибку, значит у Вас есть на то основания.

Перестаньте пугать и путать. Я не призываю занижать стоимость товара путем сокрытия инжиниринга например заключением еще одного договора. Я предлагаю : 1) инжиниринг не выделять из стоимости товара и 2) не определять ее в контракте и ПС как услугу.
Грубо - я покупаю товар, а сколько продавец потратил на разработку этого товара меня не интересует. Например мы покупаем холодильники. Не пишем же мы в контракте отдельную цену за товар и отдельную цену за разработку этого товара. Разработка товара включена продавцом в стоимость каждого холодильника. Можно сказать конечно, что тут индивидуальный заказ, но это ничего не меняет. Единственный случай когда техдокументация в теории подлежит указанию отдельной ценой КАК УСЛУГА ( закрываем актом ) в контракте это когда она НЕ консрукторская, а строительная. Но тогда ее не включаем в ТС . И желательно для этого на услугу делать отдельный контракт.

2. Я не говорил что услуга по инжинирингу стартера не подлежит включению в ТС товара- я ( выше ) написал дважды или трижды что подлежит. Да и стартер хотел включать. Но если мы делаем инжиниринг услугой, закрываем актом, то должны удержать и перчислить НДС в бюджет как налоговые агенты. И бухи стартеру об этом скзали. Вот и двойной НДС. Я это все уже писал. Или Вы считаете что уплатил НДС с инжиниринга таможне, а налоговой платить уже не будете ? Налоговой ( как и таможне ) все равно кому Вы что платили. Банк также не примет платеж пока не уплачен НДС с услуги.

Кое что про импорт услуг
http://www.radas.ru/doc_d-2_99_radas.html

О применении НДС при оказании иностранной организацией услуг по разработке проектной документации российской организации>

Министерство финансов РФ письмо от 03.07.2014 № 03-07-РЗ/32215
Вопрос: О применении НДС при оказании иностранной организацией услуг по разработке проектной документации российской организации.

Ответ:

Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел письмо о применении налога на добавленную стоимость в отношении услуг по разработке проектной документации, оказываемых иностранной организацией российской организации, и сообщает.

В соответствии с пунктом 1 статьи 146 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) объектом налогообложения налогом на добавленную стоимость признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации.

Порядок определения места реализации работ (услуг) в целях применения налога на добавленную стоимость установлен статьей 148 Кодекса.

На основании положений подпункта 4 пункта 1 и подпункта 4 пункта 1.1 статьи 148 Кодекса место реализации инжиниринговых услуг, к которым в том числе относятся предпроектные и проектные услуги (подготовка технико-экономических обоснований, проектно-конструкторские разработки и другие подобные услуги), определяется по месту осуществления деятельности покупателя услуг. При этом местом осуществления деятельности покупателя услуг считается территория Российской Федерации в случае фактического присутствия покупателя указанных услуг на основе государственной регистрации организации, а при ее отсутствии - на основании места, указанного в учредительных документах организации, места управления организации, места нахождения ее постоянно действующего исполнительного органа, места нахождения постоянного представительства, если услуги оказаны через это постоянное представительство.

Таким образом, местом реализации услуг по разработке проектной документации, оказываемых российской организации иностранной организацией, не состоящей на учете в налоговых органах Российской Федерации и не имеющей представительства в Российской Федерации, признается территория Российской Федерации и такие услуги облагаются налогом на добавленную стоимость в Российской Федерации.

В соответствии со статьей 161 Кодекса при реализации иностранным лицом, не состоящим на учете в российских налоговых органах, услуг, местом реализации которых является территория Российской Федерации, налог на добавленную стоимость исчисляется и уплачивается в российский бюджет налоговым агентом, приобретающим данные услуги у иностранного лица. Поэтому российская организация, приобретающая у иностранной организации, не состоящей на учете в российских налоговых органах, услуги по разработке проектной документации, является налоговым агентом, обязанным исчислить и уплатить в бюджет Российской Федерации налог на добавленную стоимость.

Одновременно сообщаем, что настоящее письмо не содержит правовых норм или общих правил, конкретизирующих нормативные предписания, и не является нормативным правовым актом. В соответствии с письмом Минфина России от 7 августа 2007 г. № 03-02-07/2-138 направляемое письмо имеет информационно-разъяснительный характер по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах и не препятствует руководствоваться нормами законодательства о налогах и сборах в понимании, отличающемся от трактовки, изложенной в настоящем письме.

Заместитель директора

Департамента таможенной

и таможенно-тарифной политики

О. Цибизова

Коллега, покупая холодильник мы его приобретаем в готовом виде, не заказывая инжиниринг. Поэтому в стоимости холодильника при его продаже стоимость инжиниринга не выделена. А в случае стартера она есть. Это статья затрат, обусловленных договором. Она имеет свою цену, отдельную от цены производства товара. И обязана быть выделена.
Хотя бы для того, чтобы продавец отчитался перед покупателем за что он при заказе и товара и услуги берет деньги. За товар столько-то, за инжиниринг столько-то. И никак иначе. "Перековку" инвойса на прибалтийском складе в расчет брать не будем. Не тот случай, не те суммы.

Коллега. Разберитесь в вопросе еще раз, прежде, чем писать. У Вас инжиниринг по услужному договору добавляет стоимость в ТС товара. И то, что это услуга никого не волнует. Еще раз цитирую Вам текст ст.5 Соглашения.
Постарайтесь понять, что все выдержки, которые Вы цитируете про НДС за услуги, относятся к его уплате, когда НЕТ ВВОЗА ТОВАРА. Договор ограничивается ТОЛЬКО оказанием услуги.
А когда есть ввоз товара, при производстве которого оказывались инжиниринговые услуги, то НДС берется с товара в тможенную стоимость которого включена стоимость услуг. И никто и никогда не потребует в таком случае платить НДС повторно. Он уже уплачен при ввозе.