Да, это две партии. Два сертификата должно быть

даже если в сертификате указаны инвойсы? и эти инвойсы в разных ДТ?
даже если так, они хотя бы к 1 ДТ должны принять этот сертификат...
короче буду воевать, пошли они нахер с 30%, достали

Ну к одному по идеи тоже могут не принять. Сами понимаете, время какое, не один вы воюете :)

попросили оригинал принести на сканирование (никогда такого не делал), как вообще это происходит? и можно ли вместо сертификата попросить их сделать досмотр?

Досмотр не подтвердит это, даже если там на товаре написано это.

Оригинал надо принести досмотровым, они отсканируют и отправят ответ на запрос. Или поискать, кто такую услугу делает.

Мы...

Подтверждение страны происхождения при досмотре не прописано в правилах. Только сертификат происхождения.
Сделать досмотр смогут, но это ничего не даст.

Если на упаковке написано мейд Ин чайна то это ничего не значит?)

Это не заменит предъявление оригинала сертификата о происхождении.

Тогда каким образом они докажут что это США и впаяют 30%?

А им доказывать не требуется. Не предъявлен сертификат - страна происхождения неизвестна = берётся как наихудший из возможных вариантов. Это норма, определённая правилами определения страны происхождения.