Все-таки не договор, а счет (смотрите первый пост).
Я не понимаю, накой хрен было его в таможне показывать. Сами создаем себе проблемы.

в авианакладной не тот перевозчик, который выставил нам счет. мы имеем с перевозчиком(выставившим счет) договорные отношения по всем транспортам. счет выставлен без НДС и если провести аналогию, то мы при перевозке автотранспортом, указываем ту сумму которая разбита в счете до границы РФ.

С авиа не сталкивался особо...условия поставки какие?

и сейчас у таможни : счет на 3000 дол. и авианакл. (стоимость которой указана в ГТД) на 1000 дол.

мы подали заявку нашему перевозчику на перевозку, а наш в свою очередь нанял другого и после выставил счет на свои услуги (в которую входят все его затраты и его вознаграждение).

что делать...соглашаться на КТС???

...должны быть включены все расходы до границы...аэропорт - это граница, авиапервозчику платит ваш перевозчик, вы своему...в там. стоимость вкл. 3000

условия FCA (до борта самолета в кЕтае)

и грозит ли мне это АП, если я пойду на КТС? (хотя таможня(отдел КТС) говорит, что не подадут на АП)

Это вопрос )
И еще: может у вас в счете какая разбивка есть? Или в договоре?

Давно пора "обнародовать" текст договора.

Что значит соглашаться, Вы сами приложили счет на 3000, который и оплатили. Таможня по правилам должна выставить вам уведомление, требование о ДТС и КТС, обоснование решения о КТС и вы должны все исполнить.
Если они ничего не выдали официльно. то целесообразно срочно написать письмо ( или без письма если разрешат ) и скорректировать ТС.
Даже если возбудят дело , это будет очень весомый довод о отсутствии вины, посчкольку счет на 3000 приложен.