Да, оплатили. Уточню, 50% после подписания, 50% после отгрузки.

Надеюсь, 50% предоплаты не больше итоговой суммы ;).
Тогда для Вас желательно выяснить с банком детали. Например, у нас один банк нормально зачитывает оплаты по одним инвойсам вместо других и т.п. Главное - чтобы итоговая сумма по паспорту сделки сошлась, сколько перечислено и на сколько ввезено. А второй банк очень правильный и упертый. Он ни за что не зачтет авансовый платеж как уже часть постоплаты. Только через возврат. Так что узнавайте в своем банке. Возможно придется предоплату за непоставленный товар возвращать от партнера.
А уж с точки зрения, что хочет видеть Ваш партнер - это с ним выясняйте, что он там в виду по цене и инвойсу имеет.

Ситуация 1. договор на 60000, инвойс(ы) на 60000, оплата (-ты) 60000. Ничего не нужно, инвойсы = оплатам, при этом сумма инвойсав строго < суммы договора
Ситуация 2. договор на 60000, товара ввезено на 50000 (и больше не будет), предоплата 30000 (т.е. 50% от договора). Надо просто доплатить 20000. Никаких доп. документов не требуется.
Ситуация 3. Договор на 60000, товара ввезено на 15000 (и больше не будет), а предоплата была 30000. Возврат ден. средств в размере 15000, предусмотренный пунктом договора о возврате в случае непоставки товара.
Ситуация 4. Клиента, например, хотят отКТСить из-за того, что контракт вроде разовый, а сумма его больше, чем инвойс и у инспектора возникает подозрение, что не товара отгружено меньше, а стоимость занижена. Это что-то нереальное. Хотя... один раз мне так контракт пришлось переделывать. :)

А может клиента ещё раз спросить, что он все-таки хочет в итоге и в каком виде?

Предоплату обязательно нужно возвращать. Есть ведь по договору сроки поставки предоплаченного товара. Если в сроки товар не поставить, то протокол могут завести.

договор можно изменить...норма закона поставка в течении 180 дней со дня предоплаты...

У нас вторая ситуация. Ну, если при этом не надо доп.док-ов, то хорошо. Спасибо.

Нет:):).
Получается так. Везено на 4000, переведено 4000, в договоре, ну скажем, стоит цифра 4300.

Предоплата была до даты подписания допсоглашения к договору.
Допсоглашение. конечно, можно сделать задним числом, но паспорт сделки будет после даты предоплаты.
Валютный контроль может доковыряться.

Кроме того, изменив сроки поставки нет гарантии, что товар все-таки будет поставлен через 180 дней.

Думаю, что лучше вернуть денежки, если нет 100-пудовой уверенности, что товар привезут вовремя.

Тогда, вообще проблем не вижу. Ваше право - везти или не везти ещё на 300 Евро товар.