То, что Ваша таможня сказала :"Кому оно нужно?" -замечательно, только ...безосновательно.

Конечно не нужна, ему ГТД нужна, со штампеГом. а чем докажете, господин перевозчик, что имеете отношение к товару, вывезеному именно по этой ГТД? Если у него будет CMR, то ее укажут в 44 графе и при обращении в налоговый орган все у них сложится - договор перевозки, накладная на перевозку, ГТД, в которой эта накладная фигурирует со штмпеГом.
А так будуту круги вокруг налоговой нарезать.

Вобщем я так понял что CMR лишней не будет, просто напросто заполню 18 и 21 графы ГТД и в CMR автоматом появится и автомобиль и МОРСКОЙ ТРАНСПОРТ. Плюс дополнительно предоставлю копию коносамента (как только получу его на руки). Таким образом просто в ГТД указываю док-ты в п.2-2011 - коносамент (предоставлю тогда то); 2015 - CMR #***. Если не прав поправьте.

Я в гр.21 пишу контейнер 123456 на т/х - если знаю название судна пишу , если нет - не пишу. Никакого упоминания о коносаменте - зачем он нужен внутренней таможне , если в ЦМР вы пишете в гр.3 - порт ,а не своег Получателя. В ЦМР - основное номер контейнера , остальное - как обычно.Удачи.Юрий.

Доказывается это договором на оказание услуг и актом выполненных работ.
Нет никакой нужды доказывать это перевозчику представлением ГТД, в принципе.
Если обратите внимание, то представление ГТД для подтверждения ставки 0, в случае оказания услуг (работ) при вывозе товаров, необходимо только для товаров вывозимых трубопроводным транспортом или по линиям передач.
Автомобильный же перевозчик такой обязанности не имеет. И доказывать ему придётся другими, поименованными документами (коносаментами, в том числе).
ФНС это разъясняла и в своем письме 03-2-03/399

Контейнер пишется в 31 графе п.3.
А в 21 графе пишется наименование судна, если оно не известно на момент составления ГТД пишется - МОРСКОЙ ТРАНСПОРТ а в графе 44 указывается номер транспортного документа - в нашем случае получается что это должен быть коносамент т.к. судно пересекает границу.