Не надо никаких ТС.
То, что можете подать сейчас - подавайте.
То, что вызывает проблемы (e.g. нет документов) - оставляйте на СВХ (не прозевайте только сроки). Когда документы соберете, подавайте смело ГТД. Прикладывайте копии документов с прошлой ГТД (контракт, инвойс и т.п.). Если в прошлой ГТД были оригиналы документов, делайте ссылку на нее.
Я так делаю всегда, проблем не было. СВХ сам разруливает все вопросы по ДО1 и ДО2. Если что, я делаю табличку по весам, местам и т.п.

Но здесь хочу сделать оговорку: не все таможни однаковые. У каждой свое видение данной ситуации. Так что мой совет не обязательно Вам поможет.

Поддерживаю Locky_ИМ4. Хотел бы обратить внимание на сроки, а именно:
1. заблаговременно обратиться за продлением срока хранения товара на СВХ на основании п.1 ст.103 ТК (максимум до 4 месяцев, при необходимости);
2. заблаговременно обратиться в таможенный орган с запросом продления срока подачи ГТД на основании п.2 ст. 129 ТК (даже если с документами все нормально ;)). В противном случае (если срок подачи ГТД будет нарушен при отсутствии продления) будут начислены пени даже при хранении товара на СВХ.

Где бы глянуть эти дополнительные примечания
Ссылочку не дадите ?? а может сами примечания кинете ??

Выкладываю сами примечания (к сожалению, под руками только к этому разделу есть, т.к. с ним чаще всего работать приходилось) :)

"Инструменты, необходимые для сборки или обслуживания машин, должны классифицироваться вместе с этими машинами, если импортируются вместе с ними."

Должны классифицироваться это значит, что код ТНВЭД такой же как у машины ставится?

В 17-м разделе вроде аналогичное примечание есть?

Подскажите ещё плиз. Мне чего- просто на один контейнер две ГТД таможеннику на стол выложить?

Я правильно понял, что он мне не вправе отказать будет?
На практике это происходит и происходит беспроблемно?

Olli, Вы абсолютно верно всё поняли.
Вы, на своё усмотрение, можете подать одновременно две ГТД на товары, пришедшие в одном контейнере, а можете подать сначала одну ГТД на "беспроблемный" товар, а позднее (когда разрешите все необходимые вопросы) подадите ГТД и на "проблемный" товар (не забывайте продлять сроки подачи ГТД и хранения этого товара на СВХ).
В обоих случаях (и при одновременной подаче ГТД и при подаче ГТД на "проблемный" и на "беспроблемный" товары в разные дни) таможенник не имеет оснований для отказа в принятии ГТД.
На практике это действительно происходит. Заморочки могут возникнуть, если принимающий ГТД инспектор попытается истребовать с Вас одновременной подачи ГТД на все товары, пришедшие в контейнере. На этот случай Вам дали ссылку на то, что "...основанием для отказа в принятии ГТД не может являться то обстоятельство, что ГТД подана не на всю партию ввозимых товаров" (см. п.3 Письма ФТС от 27.05.2008 № 01-11/20880)
Но тема одновременной подачи ГТД на все товары одной товарной партии довольно стара ("одновременность" уже успели даже убрать из п.5 Инструкции, утвержденной Приказом ФТС № 1057).