Т.е. воспользоваться
3. В качестве основы для определения таможенной стоимости товаров в соответствии с настоящей статьей не могут быть использованы:

2) цена товара, поставляемого из страны его вывоза в третьи страны;

И запросить поставщиков подтверждение? В какой форме приемлимой для таможни это можно сделать?

Да, можно запросить у немцев подтверждение, почему данный товар поставляется со скидкой... В ДТС-2, соответственно, расписать эти скидки. А в контракте предоставление скидок на товар предусмотрено?

Да в контракте указана скидка.
Перевод того места в контракте где это говориться:

" Здесь мы подтверждаем скидку в 45% для этой счет-проформы. Упомянутая скидка основана на прайс-листе являющимся основным для нашей продукции. Эти цены действительны для российского рынка и действительны для оптовых торговцев, с целью дать им хорошее положение на рынке. "


На таможне не устраивает именно такая формулировка. Подтверждение в какой форме предоставляется, копии инвойсов для компаний третьих стран (какое их количество), письмо на бланке компании с текстом что "мы поставляем в такие-то страны и даем такую же скидку таким-то компаниям" или что-то еще? Здесь как-бы не столкнуться с коммерческой тайной.