Спасибо, luona, ufa-c, Черный таможенник.
Если можно, ещё вас немного помучаю, ибо учиться никогда не поздно.
Два вопроса. Как в контракте это должно звучать, так, например, пойдёт:
"Покупатель удерживает и уплачивает в бюджет РБ 10% от суммы контракта в соответствии с Соглашением об избежании двойного налогообложения..."
И если бы такое было накладная все равно должна выставляться на полную сумму?

Может звучать примерно так: 10% от суммы контракта, что составляет 10000 рублей, в соответствии с "Соглашением об избежании двойного налогообложения..." на территории РБ оплачивается за счёт Продавца. Этого будет достаточно, чтобы Вам обосновать не постуление выручки. "Удерживает и уплачивает" вовсе не обязательно указывать, налоговый агент и так удержит и оплатит всё что нужно, и даже больше.
По поводу накладной, лучше проконсультироваться с бухгалтером.