Давно практикуем.
Почему нет?

На таможне говорят, что сейчас это нельзя делать. А как Вы делаете и на основании каких приказов?!

Проще выяснить у таможенников на что ссылаются они.
Единственное, что можно "пристегнуть" к этому- 1057.
Читаем:
"5. В одной ГТД могут быть заявлены сведения о товарах, содержащихся в одной товарной партии, которые помещаются под один и тот же таможенный режим."

Представляем ситуацию
Три товара, инвойс один, контракт, транспортное средство и т.д. тоже единое.
Подаю:
1 ГТД на два товара, третий оставляю до лучших времён.

Что нарушаю из цитируемого?
Фраза приказа говорит о невозможности заявления в одной ГТД товаров из разных товарных партий. И всё. Обязанности подать одну ГТД на все товары сразу ничем не установлена.

Я правильно понял: Вы задекларировали и выпустили только часть партии и хотите эту часть забрать с СВХ? Если так, то вообще никаких проблем. Частичная выдача с СВХ была всегда. В ДО-2 будет: приход 4 шт, расход 2 шт, остаток 2 шт.

Типа того. Мы ещё не задекларировали, но хотим декларировать по частям.Но таможня говорит, что партию можно дробить можно только при режиме ТС

Вроде бы логично. Таможня говорит, что раньше разрешалось дробить, но потом отменили. Приказы не называет. Пока узнаешь-все сроки пройдут

Но далее-

Декларант вправе заявить сведения о товарах, содержащихся в одной товарной партии, которые помещаются под один и тот же таможенный режим в нескольких ГТД, одновременно подаваемых в таможенный орган.

В нашем случае неодновременно-значит не вправе

Тогда, быть может, Вас спасет письмо № 01-11/20880 от 27.05.08:
"п.3 Относительно отказа в принятии таможенной декларации при применении Инструкции.
Отказ в принятии ГТД может быть только по основаниям, перечисленным в п.2 ст. 132 Кодекса. Иных оснований для отказа в принятии ГТД Кодексом не прпредусмотрено. В связи с этим основанием для отказа в принятии ГТД не может являться то обстоятельство, что ГТД подана не на всю партию ввозимых товаров"

Получается, часть можно выпустить в свободнгое обращение, а часть на ТС положить?

Приказ ФТС России № 1670 от 25 декабря 2008 года
О внесении изменений в приказ ФТС России от 4 сентября 2007 г. № 1057

1) в пункте 5 Инструкции:
абзац второй исключить;

Это что касается одновременности.