Основанием для ввоза в режиме ИМ53 у Вас был какой то документ, например лизинговый договор, договор аренды и т.д.
По лизингу, причиной может быть, полность выплаченная в соответствии с договором стоимость товара, тогда подтверждающими документами будут платёжки или выписки по счету.
Аренда, должно быть доп. соглашение о переходе права собственности.
Если был договор купли-продажи, но Вы ввезли в режиме ИМ53, то только тогда ничего не надо.

владельцем получается был фрахтователь он же и заявлял им 53

Простите, а Вы то здесь тогда каким боком?

Я уже писала, что по договору бербоут-чартер, а не купли-продажи или аренды

В гражданском кодексе нет такого :confused: бербоут-чартер

БЕРБОУТ-ЧАРТЕР — договор фрахтования судна без экипажа. По этому договору судовладелец обязуется за обусловленную плату (фрахт) предоставить фрахтователю в пользование и во владение на определенный срок не укомплектованное экипажем и не снаряженное судно для перевозок грузов, пассажиров или для иных целей торгового мореплавания (ст. 211 КТМ РФ).
Согласно данного договора фрахтователь не вправе распоряжаться судном. Право собственности не передаётся.
Если Вы и фрахтователь одно лицо. Оформляйте договор купли-продажи (дарения) с судовладельцем, или иной договор в котором будет сказано что право собственности на буксир переходит от судовладельца к ...., и вперёд, на таможню.
Если Вы не фрахтователь, а кто то иной, то подозреваю что Вас могут развести.

Это Кодекс торгового мореплавания РФ.
http://www.consultant.ru/popular/shipping/22_28.html

Честно говоря, я так и не получила ответ на свой вопрос по-поводу того, что вы написали :"Документы объясняющие перевод из ИМ53 в ИМ40", так что за документы вы имели в виду

Вам как всё до последней буквы.
Вы упёрлись в свой бербоут-чартер, а то что это фактически лизинг или аренда, в зависимости от нюансов не видите. Нам эти нюансы не сообщаете. Кто вы фрахтователь или субфрахтователь скрываете. Оговорено ли право выкупа по Вашему бербоут-чартеру, тоже тайна. А потом хотите полного ответа.
Вот здесь хорошая рекомендация, и касается не только кода ТН ВЭД http://www.tks.ru/forum/showthread.php?t=136298
Хотите максимально точный ответ, дайте полную картину.

А зачем для им 40 "Документы объясняющие перевод из ИМ53 в ИМ40", и что это за документы?
Я по договору аренды без вопросов из им 53 в им 40 переводил и по старому ТК и по новому.