Была как-то раз такая же фигня с тем лишь отличием, что коды в экспортной ГТД были указаны правильные. Там тоже таможенники прицепились - в результате нам, как отправителю, очень долго пришлось обосновывать, почему код именно такой, а не другой. Со ссылкой на нашу ТН ВЭД и пояснения к ней.
А по хорошему попробуйте перетащить на другой таможенный пост и податься там.

В Украине?

Ну а где ещё? Или у них это невозможно?

Если в контракте не обговорено представление экспортной дт, зачем ее представлять??? Напишите отказное ссылаясь на отсутствие пункта в контракте.
код в российской дт должен совпадать с заявленным кодом в украинской дт на уровне 4 знаков (исходя из критерия происхождения). В РФ не на все товары для представления преференции необходим ст1 достаточным подтверждением страны происхождения является указание страны в инвойсе. В конце концов переделайте ст с указанием, что она выдана взамен неверной (№ и дата).