ПО бывает разное. И авторские права на него - тоже разные (если они вообще есть). Так что - куча вариантов.

По договору на оказание услуг по разработке программного обеспечения заплатить НДС придётся. Единственный способ избежать НДС -- лицензионный либо сублицензионный договор.

Письмо Минфина России от 03.02.2009 N 03-07-07/04
Финансовое ведомство разъясняет, что разработка (создание) программ для ЭВМ по договору подряда не освобождается от налогообложения НДС.

Аналогичные выводы содержит:
Письмо Минфина России от 02.10.2008 N 03-07-07/96
Письмо УФНС России по г. Москве от 29.03.2008 N 19-11/030048
Письмо УФНС России по г. Москве от 11.08.2008 N 19-11/75222

Письмо УФНС России по г. Москве от 10.03.2009 N 16-15/020629
Разъяснено, что разработка и модификация программного обеспечения для ЭВМ, выполняемые по смешанному договору, не освобождаются от НДС.