В инструкции по заполнению ДТ не сказано, что сведения в 35 графу берутся из товаросопроводительных документов. Так что инспектору можно предложить обосновать своё требование - откуда он взял, что из накладной заявляется вес брутто? Заявленные сведения должны подтверждаться документами (это требование ТК ТС). Сведения в ДТ в рассматриваемом случае подтверждены документами, в том числе письмом декларнта и новым упаковочным листом.

Спасибо за пояснения

Только при расхождениях данных в товаросопр.документах и в ДТ, заявленной декларантом (даже если данные ДТ подтверждены дополнительным упаковочным листом) гарантированно инспектор назначит досмотр. И тут самое главное, чтобы в процессе досмотра они там не "навешали" вам совершенно другие данные по брутто - так сказать, третий вариант.
В такое ситуации - оптимальный вариант был бы - как уже тут рекомендовали, перевесить по прибытии на СВХ и подавать 100% точно.