Вот и я не нашел ничего на этот счет. Ваши пути решения проблемы, в общем, понятны.
Но меня интересует - а что все-таки будет, если заявиться на таможню с товаром и с письмом. От себя - мол, так и так. От отправителя - да, подтверждаю, такая вот накладка.

Чем чревато?

Теоретически - подаете в таможню заявление о внесение изменений в ДТ, но все зависит от таможни, если отмороженная , то возбудятся по делу об АП9ст. 16.2), правда в суде отобьетесь, но нужен ли Вам этот геморрой.

Рассказать что? Что имело место недекларирование? Смотрите 16.2.1:

Во-первых, декларирование, т.е. подача новой декларации с новыми платежами;
Во-вторых, штраф на юридическое лицо от 0,5 до 2 кратного размера стоимости товаров;
В-третьих, на должностное лицо - от 10 до 25 тысяч рублей.

Вам оно надо? Или Вы считаете, что платежи по задекларированному ранее товару сможете вернуть или зачесть в счет новой декларации? Да с какой стати? Будьте уверены, что "старый" товар так и останется легальным, а вот по "новому", т.е. реальному товару придется перед государством еще раз отчитываться.

Легализовать можно, опять-таки через серую бухгалтерию. А вернуть в режиме экспорта. Конечно, не от той конторы, на которую ввозили.

Нужны детали что за товар, почему не тот Федот.
При определенных обстоятельствах возможно заявить ремонт ( переработка вне там. территории ) с заменой товара.

на одном из семинаров с представителями ФТС был получен ответ про то, что при "явке с честными глазами" в любом случае обязаны упаять по АП
Ну и вообще в рамках исследования путей внесения изменений в ДТ после выпуска, ознакомьтесь с Решением КТС № 639 от 19.05.2011 (не для этого случая, но иногда можно воспользоваться)

помимо штрафов и прочей тряхомундии (пардон, май френч), когда часть Ваших сотрудников только этим и будет заниматься. Причем, подозреваю, что лучшая часть :)
Вас еще поместят в черные списки неблагонадежных импортеров, и в каком-нибудь СУР поместят под обязательные 100% досмотры всех последующих поставок. Поверьте, это крайне неудобно. У Вас возрастут лид-таймы (сроки поставок), расходы (т.к. вскрытия-закрытия, все будет на Вас перевыставляться после таможенного досмотра), и еще будете получать товар в поврежденной упаковке, что-то списывать в брак или продавать со скидками. Увы...

А штраф-то за что?! Вроде как вины нашей нет, в ящиках - совсем не тот товар плюс сопроводительные документы к нему на совсем другую фирму. Товар этот нам нах не нужен, по-хорошему мы хотим его вернуть обратно.

Да просто грузоотправитель в наши ящички запихнул товар для совсем другой фирмы. И сопроводительные документы для нее - тоже. Обычный бардак.

Понятно. Неутешно.