Конечно.
Если реквизиты правильные, а деньги не пришли, то код таможни неправильно указан.

Предался размышлянию, почему по-прежнему - либо факсом, или же ногами? В наш-то век высоких технологий!

Да уж, отстает в этом смысле ФТС, все силы на ЭД прошены, не до делопроизводства.
И вообще, у нас частенько Сбербанковские операционистки в поле кода таможни умудряются забить точки, которые не дают сумме платежки упасть на конкретную таможню, придется платить повторно, недавно только с третьего раза платеж прошел, два раза точки ставили. Ну ладно работники Сбера, но ведь работники управлени платежей ФТС прекрасно видят эти точки, неужели никак не могут их убрать, исправить, чтобы деньги автоматом ушли на таможню. Ведь в графе "Назначение платежа" плптежки черным по белому указано наименование таможни, которой предназначены платежи ее код, поправь ошибку в платежке и все будет ОК.

деньги тоже автоматизировано распределяются, на назначение платежа никто не смотрит

Хочется понять, есть ли у таможни возможность поправить поле платежки, например убрать точки из кода таможни, т.о., чтобы застрявшая на ней сумма упала в таможню, указанную в "Назначении платежа". Оформлять новую платежку накладно и время теряется приличное.

возможность есть, но только когда эту платежку им обозначишь.

У меня так было. Если деньги не упали на таможню а висят в ГУ ФТД, то можно письмо отправить, что просим зачесть в счет платежей такой-то таможни. Отправлял факсом, все нормально было. Сложнее, если деньги на какую-то таможню уже ушли. Тогда только письмо на возврат, либо зачет нужной таможне. Позвоните в ФТД, узнайте. Как сейчас не знаю, раньше там вполне адекватные люди отвечали.

Ни у какой таможни нет возможности поправить 107 поле, даже если обозначить эту платежку.
Такая возможность есть в ГУФТД (телефоны, факсы выше).
А если обращаться в таможню с таким вопросом, то максимум что они могут сделать, так это переслать документы в ГУФТД, что только увеличивает время отсутствия денег в ЛС таможни.
Если некорректно заполнено только поле 107, то все происходит достаточно быстро, а вот если с КБК намудрили, то тут все гораздо дольше происходит.
А если указали не тот КБК но верный для другого типа платежа, то его уже не поменять вообще никак, только через возврат.