Вы приложение к разделу 2.19 внимательно почитайте.
Если у вас товар который требует лицензии то посмотрите нельзя ли вот так :
8. Не требуется получения лицензий:
а) при ввозе и вывозе шифровальных средств для осуществления ремонта или замены в соответствии с обязательствами по договору (контракту, соглашению);
б) при временном ввозе и временном вывозе шифровальных средств
в целях:
проведения научно-технической экспертизы;
научных исследований;
экспонирования на выставках;
в) при ввозе и вывозе шифровальных средств в целях обеспечения собственных нужд организаций без права их распространения и оказания третьим лицам услуг в области шифрования;
г) при транзитных перевозках шифровальных средств через территорию государств – членов Таможенного союза.
Ввоз и вывоз шифровальных средств в указанных случаях осуществляется при условии представления в таможенные органы заключения (разрешительного документа) согласующего органа.


Или если это иной товар то не лицензия а :
11. Ввоз и вывоз шифровальных средств, указанных в Приложении № 1 настоящего Положения, осуществляется на основании информации
о зарегистрированной в согласующем органе нотификации (уведомления) без оформления иных разрешительных документов, предусмотренных настоящим Положением.

При этом иногда проще не делать нотификацию а получить разовое разрешение на вывоз ( не лицензию)

Так если товар не самостоятельный, а является частью другого товара с другим кодом (теоретически, конечно, заменяемой), - на него разрешительные документы нужны?

На это вопрос есть два мнения. Я придерживаюсь того, что в не зависимости от кода товара если в нем есть " шифровальная" часть, то требуется соблюдение ограничений. Другое дело что ФЛК по всей видимости не видит этого и часто все проскакивает.

Меня настораживает, что в новом положении этого ничего нет

А меня нет ибо есть :
.
7. Помещение шифровальных (криптографических) средств под таможенные процедуры переработки на таможенной территории, переработки вне таможенной территории, переработки для внутреннего потребления, временного ввоза (допуска), временного вывоза, свободной таможенной зоны и свободного склада осуществляется
при представлении таможенному органу государства-члена заключения (разрешительного документа) или сведений о нотификации.
Помещение шифровальных (криптографических) средств под таможенные процедуры реэкспорта или реимпорта при завершении действия таможенных процедур временного ввоза (допуска) или временного вывоза соответственно осуществляется при наличии заключения (разрешительного документа), на основании которого такие товары были помещены под таможенные процедуры временного ввоза (допуска) или временного вывоза,или сведений о нотификации. В иных случаях помещение шифровальных (криптографических) средств под таможенные процедуры реимпорта или реэкспорта осуществляется при представлении таможенному органу государства-члена заключения (разрешительного документа) или сведений о нотификации.

И так даже лучше более широко чем было.

К сожалению, я не достиг пока нужной степени просветления, чтобы понять всю суть этого пункта. Хотя вчера, кажется, был близок к этому. В теме про "силу пера". Да и в целом в 2.19 и 2.16 не силён.
Для того только влез, чтобы Вы невольно не ввели леди ... хм ... в блуд ... устаревшим положением

Это понятно ибо у Вас нет самогонного аппарата:D