В общем случае в железе 1 может быть уже закачен какой-либо софт в ПЗУ, или алгоритм работы железа 1 является объектом лицензионного права. Т.е при покупке железа 1 вы уже могли гипотетически получить собственно "голое мелезо 1" и лицензию на право использования алгоритма железа 1. Плюс что-то из софта разрабатывает сам Продавец, находящийся в оффшоре.
При заключении коммерческой сделки Продавец вправе распределить стоимость между железом и лицензией произвольно, а для подстраховки сделать оговоку в поставочном контакте, что эксплуатировать железо 2 без покупки лицензии нельзя. И затем продать лицензию по лицензионному договору.

и добавить роялти в таможенную стоимость.

Зачем? :confused: Не патент и товарный знак обсуждаем, а ПО.

пп.7) п.1 ст.5 Соглашения.

Какое Соглашение имеется в виду? Дайте ссылку, пожалуйста.

С ввозом ПО не знаком, отмечу только маленький нюанс: ежели чрезмерно занизить "цену" оборудования при ввозе, то можно получить по нему высокую таможенную стоимость. Платежи с нее будут. Тем более про офшор речь.

Цена, которую заявим на "подешевевшое" железо, все равно будет заведомо выше рисков

пошлена не ноль?

Обычно на это оборудование пошлина 0, но даже если и отлична от нуля, все равно его стоимость мы уменьшили в 10 раз, переложив на софт. Т.е. много в виде пошлины не заплатим.