Блин, вот "умеют" же люди вопросы задавать - только в гадания играть остаётся...
Если у Вас CPT Забайкальск, то ничего не добавлять, не вычитать не надо - этими условиями предполагается, что в стоимость товара на этих условиях включена не только стоимость самого товара (а также упаковки, маркировки и т.д.), но и стоимость его транспортировки до ЖДПП Забайкальск (если по жд товар ехал), причем в данном случае ЖДПП Забайкальск является пунктом прибытия на таможенную территорию Таможенного союза.
В ДТС транспортировка включается только если товар передан не в пункте прибытия на таможенную территорию, а на иностранной территории - тогда от пункта передачи товара до пункта его прибытия на таможенную территорию добавляется стоимость транспортировки.

В Вашем случае - с учетом отсутствия более четкой информации, кроме следующих обрывков - товар из Китая, транспортировка железкой, условия CPT Забайкальск - не вижу никаких оснований для каких то дополнительных начислений либо вычетов...
По логике вещей в такой ситуации транспортировку от Забайкальска до Москвы Вы организовывали и оплачивали железке отдельно сами, при этом к таможенной стоимости товара (то, что формируется в ДТС) такая транспортировка по РФ никакого отношения не имеет...