Дело не только в хлопотах и дополнительных расходах.
В случае со скоропортом N-ное количество, ввезенное заранее, будет скорее всего из другой товарной партии. Именно к этому подталкивает законодатель. Печалька.

Да, но "ввоз товаров..." "растянутое" во времени действие, предусматривающее проведение различных таможенных операций, заканчивающееся выпуском.
"Выпуск в обращение" - помещение под процедуру.
Есть некоторая заморочка с "выпуском", т.к. и при ТТ, и при последующем ВВП осуществляется выпуск.
Если топикастер применял ТТ, то это и есть - "подводный камень", но тогда вопрос к таможне и подразделению Россельхознадзора на границе.

Написан документ, конечно, плохо. Ибо "пересечение границы и помещение под процедуру таможенного транзита " уже является ввозом.
Но тот же 294 делает для транзита исключение Вот и читай, как хочешь. С одной стороны ввоз состоялся в силу определения "ввоза" по ст.4. С другой, вроде как, не совсем, ибо процедура ТТ исключена Решением 294. И, вроде, тогда логичнее выдвигать требования при помещении только под следующую процедуру.

Со ввозом всё, как мне кажется, однозначно, исходя из понятийного аппарата ТК ТС: границу пересёк - значит, ввоз состоялся.
Понятие "выпуск в обращение", используемое в сфере технического регулирования, к "помещению под процедуру" отношения не имеет.

Это не так. Это только часть, составляющая понятие "ввоз"

Какая разница, из какой партии яблоки, например?
P.S. Совпадение с названием "ЯБЛоко" совершенно случайно.

При пересечении таможенной границы товар не считается ввезённым?

Нет. Именно по этой причине возможен "возврат товара" из МАППа без помещения под процедуру реэкспорта.

"Фитосанитары" и "ветеринары" считают, что разница есть.
Думаю, такой подход справедлив и для других продуктов питания.
В одной товарной партии замороженной пиццы (например) содержание кишечной палочки (например) будет в норме, а в другой - превышено в стопиццот раз.

Не доводилось встречать документов о соответствии, в которых было бы указано, что они на определённую "товарную партию" выданы.