продавец опасается что груз НЕ покинет территорию его страны. достаточным для его успокоения может быть надпись в инвойсе:
for delivery to OOO FIALKA, <city>, RUSSIA, via Latvian WRHS, <city>, Latvia

Если забыть про Россию и представить, что груз поставляется из Латвии в Литву, то на чем основываются его опасения?

соснения примерно теже которые возникнут при постановке НДС 0 у буха-продавца конторы например из спб, продающего например котковской конторе с доставкой например в москву

Поведение латвийской фирмы вызывает, мягко говоря, недоумение. Сложилось впечатление, что это у них вообще первая в жизни экспортная сделка и они всего боятся. На таможенной территории ЕС при продаже из одной страны в другую (другие) НДС возникает только у конечного покупателя.
" Koi8
... По моей практике между странами ЕС машины зачастую передвигаются вообще без транспортных документов, да и контроля на границе нет, т.е. транспортный документ не может является подтверждением пересечения границы LV/LT."

Не согласен. Если только в Вашей практике выдавались индульгенции, тогда поделитесь таким опытом. Транспорт двигается внутри ЕС обязательно с ТСД. Транспортная полиция на их дорогах лютует. Возможно, к "своим" более лояльны, но машины с "не своими" номерами проверяют и с пристрастием. В том числе и на предмет каботажа. Да, документы могут быть "временные", "для проезда" и т.п., но они должны быть и выглядеть вполне убедительно. Иначе нахлобучат не по-детски. Там миллион нюансов.
А что касается прямого подтверждения пересечения границы, то это касается лишь границы ЕС, с закрытой на границе EXa с уникальным MRN.

Извините, что сразу не ответил, но только вчера условно-досрочно освободился "из бани", поэтому постараюсь сразу ответить пока опять не заблокировали.
Я уже писал, что требования латвийской фирмы незаконны. И здесь не надо никаких подтверждений пересечения границы. Груз купила литовская фирма - инвойс выписывается без НДС. Также не согласен с предложением записывать в инвойс, что этот товар предназначен для российской фирмы. Глупость. Покупая товар, покупатель никому не должен объяснять, что он с ним собирается делать: продать, подарить или выбросить на свалку. Литовская фирма этот же товар также могла продать уже другой латвийской фирме, и тоже без НДС. И тогда уже другая латвийская фирмы должна была бы платить НДС. И еще, латвийская фирма ссылается на директиву ЕС. Да, есть такая директива 2006/112/EB, но налоги латвийская фирма платит на основании своего закона, а не директивы. В ЕС только регламенты являются законом прямого действия, а директивы должны переноситься в национальное законодательство и латвийский закон НДС я уже упоминал.
Резюме, латвийская фирма действовала незаконно, инвойс литовской фирме должен был быть выписан без НДС.

Да, кстати, не согласен с Вами, что между странами ЕС машины зачастую передвигаются вообще без транспортных документов. Я на такие замечания всегда говорю, что и некоторые штаны через голову одевают. Хотя может и передвигаются, но это не значит, что в этом нет нарушения. Полностью согласен с КоньОвалов, что грузы не могут перемещаться без товарно-транспортных документов внутри любой страны ЕС, а тем более пересекать границу. На границах стран ЕС работают мобильные группы таможенной службы, они контролируют в основном перемещение акцизных товаров. Но обнаружив груз без документов - неприятности гарантированы.

На том, что литовец не имеет номер плательщика НДС, например.

А это как два пальца (точнее две минуты):

http://ec.europa.eu/taxation_customs/vies/?locale=en

Проверяете, получаете оплату-банковский перевод и никаких своих интерпретаций.