А Вы платежку посмотрите свою. Может это были авансовые платежи в счет будущих таможенных пошлин и иных платежей с соответствующим КБК.
Если так, то все законно, можно списать и пошлину и НДС.

Вам ДТ распечатал брокер? При ЭД мы сталкивались с тем что если инспектор закрыл платежки по своему, то автоматического изменения данных в ДТ у брокера по платежкам не происходит. Варианта 2: 1. вносить изменения в ДТ. 2. молчать.
Обычно со своими бухами тоговориться проще.