Таможне экспортная фитка пофигу. Вы на её основании местный контроль проходите по прибытии у наших фитосанитаров. Вот для чего она нужна. И уже местную в 44-ю гр. ДТ писать будете.

а под каким кодом?

01207, только наши дадут акт и штамп разрешающий поставят, фито сертификат не дадут

Это на товары с низким риском.
С высоким обязаны выдать вторичный по месту регистрации учВЭДа.

Товар преференциальный, 3%+ теряете.
Хм.

у акта другой код

Не знаю, как с фиткой, но ветку нам выдают от грузоотправителя на грузополучателя по CMR, а там мы прописываем, как в контракте. В ветке обычно у нас Продавец даже не фигурирует, с которым контракт у Покупателя заключён. Просто мы в контракте сразу прописали, что Производителем и Грузоотправителем товара является другая организация по поручению Продавца. Между Грузоотправителем и Клиентом никакого своего договора нет.
В CMR прописываем то самое "Грузоотправитель А по поручению Б". В ДТ тоже. Иногда в РСХН тоже так пишут: "Грузоотправитель А по поручению Б"...

Тут, наверное, по аналогии можно.
Но вернее всего у наших спросить, которые будут российский документ выдавать.
И спросить письменно :) .