Из суровой практики.
У меня как-то таможня потеряла внутри себя серт о происхождении Украины (а это те времена ещё были), а декларант взял и выпустил.

Было муторно, но вернули платежи.

И собственного опыта, дополню.

Дык, опыт и у нас есть, только на ссылки на действия одной таможни, другой таможне положить.
Меня интересует именно возможность применения п. 3 ст. 63 ТК ТС к товарам из Вьетнама, т.к. тут одна таможня нам отказала в принятии КДТ и возврате платежей со ссылкой на невозможность применения ст. 63 при представлении Сертификата происхождения на товары из Вьетнама после выпуска, т.к. необходимо применять нормы Соглашения, которое акт более высокого уровня, более поздний и специальный.

Я не понял, "кто на ком стоит".
Нельзя ли формулировку отказа дословно опубликовать?

Чего там опубликовывать, идут ссылки на Соглашение:

Сертификат представлен после выпуска товаров, т.е. условия п. 4 ст. 4.16 не соблюдены. Сертификат выдан после выпуска товаров и содержит отметку о Ретроспективном действии, а не о том, что он выдан взамен ранее выданного товара -положения п. 2 ст. 4.20 не соблюдаются. Представление сертификата после подачи ДТ для получения преференций не предусмотрено Соглашением, в связи с чем таможня отказывает в принятии КДТ и представлении преференций. Ссылка декларанта на п. 3 ст. 63 не может быть принята во внимание, т.к. должны применяться положения Соглашения.

Нормы "Соглашения о свободной торговле между ЕАЭС и Вьетнамом" не отменяют (и не могут отменить) норм, установленных ТК ТС. Странно, что "одна таможня" этого не знает. Впрочем, хорошо, что лишь одна.

Так они их и не отменяют, просто в случае в Вьетнамом норма 63.3 не применяется, а применяется иной порядок, установленный соглашением.

Существует процедура предоставления преференций, установленная Соглашением.
Данная процедура осуществляется при выполнении условий, перечисленных в Соглашении.

Существует процедура восстановления преференций, не установленная Соглашением, но установленная ТК ТС. Данная процедура осуществляется при выполнении условий, перечисленных в ТК ТС.

Не могу понять, что здесь можно не понять.:)

Восстановление применяется, когда есть что восстанавливать: есть преференция, но нет документа, подтверждающего страну - есть возможность представить данный документ после по ч. 3 ст. 63.
В случае с Вьетнамом, преференция есть только, когда документ представлен до подачи ДТ, документ не представлен, преференции нет, восстановить нечего.

Т.е.:
Есть общий порядок представления преференций, прописанный в ТК ТС, частью которого является возможность представления документа после подачи ДТ.
И есть специальный порядок представления преференций по Вьетнаму, которым предусмотрено представление преференции только при подачи документа до подачи ДТ.

Вычурная логика.
Но если у Вас есть желание ей следовать, не смею возражать
*"документ не представлен"="нет документа, подтверждающего страну"©.
"И соответственно - есть возможность представить данный документ после по ч. 3 ст. 63."©