морские суда так постоянно ходят на ремонт, вышел, встал в ремонт, потом заявился.

И что мешает их заявить (напоминаю, что изделие вывозится для ремонта)?

Речь о "морских судах", являющихся транспортными средствами международной перевозки?

Ну-ка, ну-ка, поподробнее с этого момента.
Тут вот из одного из портов северо-запада посудину в ЕС хочут на ремонт отправить. Думаю, переработку заявить, ТС=балансовая. После - закрыть переработку выпуском в свободное обращение. Основа начислений: (балансовая+зап.части+ремонт+транспорт)-балансовая. Что-то неверно?
И еще:
а что если зап.части купить в РФ? То есть, часть зап.частей будет куплена в РФ и вывезена в ЕС для осуществления ремонта. Зап.части средств идентификации не имеют. Какую процедуру в отношении таких зап.частей заявлять? ЭК-10? И потом при ввозе платить с них пошлину и НДС?

Если начать "поподробнее", то можно неплохо "спалиться".)

Огааа! Кажется мой собачий нос понял, какие запахи несет тот дальневосточный ветер :D Да ладно, я не из милиции, ога, могу и фотку отправить :D
Не, а если серьёздна и в рамках нормативно-правового поля?

Основа начислений пошлины и НДС-стоимость ремонтных работ, Сборы с таможенной.
Если запасные части не имеют средств идентификации-экспорт однозначно.

И чего ж, с нашенских запчастюль из чёрного металла пошлину да НДС платить? Окей, а коли средства идентификации "запилить"? Чего ж сваркой то не накорябать номерок какой-нибудь, когда только пошлина при ввозе в 3,5кк русских долларов светит.

Вы мне просто скажите, при вывозе и ввозе что с нас сдерут? Какие платежи?

И чтобы платить эти платежи, что нужно в инвойсе заявлять?

При вывозе сбор.
При ввозе - сбор, пошлина и НДС. В таможенную стоимость включается стоимость ремонта.
Выше всё написали.