А как нерезидент может являтся декларантом при условии, что у нас система электронного декларирования? Подаваться то он как будет?

Тампредом.

Ну да, нету. А как появится, он озаботится контрактом и инвойсом на резидента, а также заявкой на выпуск с ТС. А оформлять с ТС будет уже резидент (ну или как они там договорятся).

А всё то же самое для ИМ40 или временного ввоза возможно?

Для временного ввоза возможно, для ИМ-40 нет, кмк.

Проблема - как иностранное лицо, не имеющее представительства в РФ, может быть декларантом. Вот:

Статья 83 ТК ЕАЭС. Декларант
1. Декларантами товаров, помещаемых под таможенные процедуры, могут выступать:

2) иностранное лицо:
являющееся организацией, имеющей представительство или филиал, созданные и (или) зарегистрированные на территории государства-члена в установленном порядке, - при заявлении таможенных процедур только в отношении товаров, перемещаемых для собственных нужд такого представительства или филиала;
являющееся собственником товаров, если товары перемещаются через таможенную границу Союза не в рамках сделки между иностранным лицом и лицом государства-члена;
имеющее право владения и пользования товарами, если товары перемещаются через таможенную границу Союза не в рамках сделки между иностранным лицом и лицом государства-члена, - при заявлении таможенной процедуры таможенного склада, таможенной процедуры временного ввоза (допуска), таможенной процедуры реэкспорта, специальной таможенной процедуры;