Странные вы вопросы задаете. Сначала пишите, что отдают за небольшие деньги. Значит, контракт есть? Этот контракт правомерен с точки зрения местного законодательства? Если правомерен, то причем тут их таможня?

Т.е. если поставим стоимость 1000 евро за оборудование весом 3т - проблем не должно возникнуть с пересечением границы ?

Существует общий контракт, отгрузки по заказам. Наше руководство договорилось с руководителем одного из подразделений отправителя что станок который им больше не нужен ( купили новый) отгрузят в Россию за 800-1000 евро. А отдел логистики отправителя уперся что это очень маленькая цена и таможня при вывозе не пропустит. Вот мой руководитель и меня просит узнать- это действительно так?

Задача отдела логистики отправителя - исполнять решение вышестоящего руководителя. Стоимость в 800-1000 евро ведь не с потолка берется? Наверняка финансовый отдел определил ее с учетом амортизационных отчислений и правил бухгалтерского учета. Ведь речь идет и о подтверждении нулевой ставки VAT. Поэтому указанная в контракте сумма является основанием для занесения в соответствующую графу экспортной декларации сотрудником отдела логистики. А что там пропустит или не пропустит таможня, его не должно волновать. Пусть требует соответствующие бумаги у коммерческого отдела и не раздувает собственную значимость. В российских реалиях вполне бы подошел акт оценки независимой экспертной организации

В российских реалиях можно продать станок и за 1€. Какое таможне вообще дело за сколько денег стороны передают друг другу имущество при экспорте, если это беспошлинный экспорт?

С точки зрения взимания платежей - никакое. С точки зрения статистики - большое