Была тема точь в точь похожа с вашей.
Единственное отличие - не подали ГТД. Груз отправили обратно отправителю по реестру.

Ага...а таможня на уничтожение еще попросит экспертизу от Роспотребнадзора, Центра гигиены и Департамента природопользования, а им нужны СЭЗы и т.п. )))

Лицензию дает МЭРТ по представлению ФСКН.
Возможно я ошибаюсь, но есть смутные подозрения, что данной тематикой занимается сейчас не МЭР, а Минпромторг.