Все таки, мне кажется, если это выявили при завершении ВТТ, дело на перевозчика в чистом виде.
А при декларировании нет оснований. Тем более его физически не взвешивали, а произвели расчет в АТД. Ну блин, идиоты.:D И даже где-то этот случай разбирался в суде. Вспомню напишу номер дела.

Когда все разрешится обязательно отпишу

Тут важна однородность товара, то есть товара 1 и 2. Если они однородны, то вопрос решаем. Если нет, то при правильном подходе к делу таможни вам будет трудно. Переплата или полнота уплаты там платежей имела значение когда такие дела по части 2 ст. 16.2 ранее возбуждались, а по части 1 повторюсь это не имеет значение для наличия события правонарушения.

Подождем. Успеха.