Не касаясь правил классификации, скажу, что отсутствие инвойсной цены не влияет на возможность выделения ЗЧ в отдельный товар(ы).
(Правда, настроения они декларанту не поднимают :D)

Почему в Европе нет таких проблем, как у нас (с таможней)?

Перечитайте историю.

Думаю, всё дело в том, что мы не учим своих детей снимать ранец со спины при входе в "маршрутку".

И в Европе проблемы есть с таможней. При мне на границе финские таможенники заставили нашего русского туриста водку в канализацию вылить:)

А если в 31-й все подробно расписать: насос такой-то с комплектом принадлежностей для сервисного обслуживания: маховик там, подшипник и т.д., согласно требованиям таким-то, - указать цену, согласно инвойсу (как за комплект), будет ли таможня возбуждаться - ведь мы подробно все в 31-й расписали? Если формальных поводов возбудить дело у таможни не будет, то я бы подавал как 1 товар, что, на мой взгляд, является более логичным.

Допустим
Насосы такие-то (то есть прочие?:)) - беспошлинно
Подшипники такие-то (например шариковые) наверное большие, так как для кораблей - пошлина 10%
Маховики - пошлина 5%

А мы все в 0%. Идея хорошая.
Но остается Ваш еротический вопрос:)

топик стартеру - растаможить комплект ЗИП (запасный частей, для замены вышедших из строя) по Коду ТН ВЭД ТС как основного оборудования Вы не сможете! Это практика, закон и здравая логика таможни )))
Оформить комплектующие для сборки - можете, но документально все подтвердив (в идеале классрешение)!
Ни один сертификат РМРС не является подтверждением того, что ЗИП можно оформить вместе с основным оборудованием. Даже не пытайтесь.
Совет: "Работайте" над первичными документами до их пересечения границы + если свой СВХ, то и там тоже ("работатйте")..... ))))))))

Так понимаю, если таможня захочет возбудиться, то будет возбуждаться по п. 2 ст. 16.2 КоАП:

2. Заявление декларантом либо таможенным брокером (представителем) при декларировании товаров и (или) транспортных средств недостоверных сведений о товарах и (или) транспортных средствах, если такие сведения послужили основанием для освобождения от уплаты таможенных пошлин, налогов или для занижения их размера

В 31-й графе я указываю, что идет все в комплекте в соотв. с требованиями органа надзора за судами (насколько я понимаю это гос. организация) прикладываю эти требования, подробно расписываю материал из которого сделаны запчасти и прочее.

Какие недостоверные сведения я указал?
1. Код товара - но определение кода ТН ВЭД - исключительная прерогатива ФТС.
2. Величину ставок таможенных пошлин/сборов/НДС - что напрямую зависит от кода.

На каком основании сможет "возбудиться" таможня? А если скорректируют на стоимость и пошлины - то пусть. Волнует вопрос именно в части АП.

P.S.: Вагон подшипников в данном случае, понятно, что не удастся провести, здесь же необходимый набор запчастей, причем не просто так его придумали - а с тем, что данный набор необходим (насколько я понимаю, топикстартер поправьте, если не так) для нормального функционирования оборудования, т.е. без этого маховика, подшипника в комплекте, оборудование нормально не сможет работать по ряду причин, что подтверждается соответствующими документами.

Сможет работать. Так как это ЗИП, запасные части. То есть поставляются на всякий случай. На оборудовании такие части уже установлены.