Ключевые слова! Сама проблема не стоит выведенного яйца. Что лучше: поставить два "лишних" знака в счет-фактуре (а эти "лишние" знаки четко регламентированы нормативными документами), или судиться с налоговиками по поводу зачета НДС, тратя на это свои нервы, деньги, а главное, время.