Счета-фактуры для Казахстана регистрировать в налоговой -надо, все там работает и работающую программу поставили аж 6 июля. Порядок полностью аналогичен работе с Беларусью. У меня уже три партии ушли успешно. Образцы документов из казахской налоговой постраюсь выложить как только придут.
Как справедливо заметил domaks, без зарегистрированной счет-фактуры и соответствующей формы из казахской налоговой НДС 0% накрывается медным тазом. Срок регистрации для налоговой установлен в течение 10 дней "в целях ускорения и упрощения" , но у нас делают сразу, а сопроводительное письмо регистрируют сами и быстро.
По банкам вообще проблемы быть не должно, хотя СБ РФ не является полноценным банковским учреждением, потому и кадры соответсвующие.
з.ы. : периодически езжу в соседний Казахстан, там во всех банках, включая государственный посетителям принято улыбаться и обслуживать быстро, даже в Госбанке, исключение - филиал Сб РФ в Казахстане, наверное, кадры специально переучивали, хотя хамить как в России они так и не научились:D.

Если не трудно ...Дайте ссылку на норматив по Казахстану по части регистрации счетов-фактур

не одну СМРку, а СМР как транспортный документ (может быть и железнодорожная накладная и квитанция экспресс-почты) + товарный документ (для российского отправителя ТОРГ-12, для белорусского - товарная накладная формы ТН-2),
т.е. 2 дока: транспортный и товарный

Я тоже, перед отправкой в Казахстан относил в налоговую сч-ф для регистрации в кол-ве 3-х шт. Одну забрала налоговая, одну оставил себе и одну оправил с грузом.

смотрите Протокол о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров в таможенном союзе.
Он входит в РЕШЕНИЕ МЕЖГОСУДАРСТВЕННОГО СОВЕТА ЕВРАЗИЙСКОГО ЭКОНОМИЧЕСКОГО СООБЩЕСТВА (ВЫСШЕГО ОРГАНА ТАМОЖЕННОГО СОЮЗА) 11 декабря 2009 г. N 26 "О МЕЖДУНАРОДНЫХ ДОГОВОРАХ И ИНЫХ НОРМАТИВНЫХ АКТАХ ПО РЕАЛИЗАЦИИ ОСНОВНЫХ ПОЛОЖЕНИЙ СОГЛАШЕНИЯ О ПРИНЦИПАХ ВЗИМАНИЯ КОСВЕННЫХ НАЛОГОВ ПРИ ЭКСПОРТЕ И ИМПОРТЕ ТОВАРОВ, ВЫПОЛНЕНИИ РАБОТ, ОКАЗАНИИ УСЛУГ В ТАМОЖЕННОМ СОЮЗЕ ОТ 25 ЯНВАРЯ 2008 ГОДА"
ссылка:
http://www.tsouz.ru/MGS/mgs-11-12-09...-26-pril1.aspx

Вот что-то про регистрацию ни гд не вижу.

процитируете, пожалуйста, предложение "Протокола...", в котором говорится о необходимости регистрации счета-фактуры в налоговой инспекции при отправке груза в Казахстан

И я о том же

:)
а я и не говорил что нужно регить С/Ф приэкспорте в Казахстан.
Кстати, при экспорте в Беларусь то же не регят.

а цитата простая:
"Статья 2
Порядок взимания косвенных налогов при импорте товаров


8. Налогоплательщик обязан представить в налоговый орган соответствующую налоговую декларацию .... Одновременно с налоговой декларацией налогоплательщик представляет в налоговый орган следующие документы:
..

4) счета-фактуры, оформленные в соответствии с законодательством государства - члена таможенного союза при отгрузке товаров, в случае если их выставление (выписка) предусмотрено законодательством государства - члена таможенного союза;
--
вообще то я знаю откуда рога растут с "отметками ИФНС на с/фактурах"
когда то очень и очень давно, аж в 2005 году было соглашение между РБ и РФ где был такой порядок ( док именовался так: Соглашение между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Беларусь о принципах взимания косвенных налогов при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг от 15 сентября 2004 года), там и было, что экспортер-резидент РФ должен был счет фактуру в налоговой отмечать при экспорте в РБ, там и была фраза такая:
..
н- налогоплательщики Республики Беларусь - счета-фактуры российских налогоплательщиков с отметкой налогового органа Российской Федерации; налогоплательщики Российской Федерации - товаросопроводительный документ белорусских налогоплательщиков...
-
издан был док: Приказ Министерства Финансов Российской Федерации № 3н от 20.01.2005г. «О проставлении налоговыми органами отметок на счетах-фактурах и заявлениях о ввозе товаров и уплате косвенных налогов»...
но ... потом всё "сдудось", Минфин дал Письмо, что "до особого указания не нужно отмечать счет-фактуры в ИФНС" и на этом всё и затихло.
Беларусь не протестовала и транзитный кран ни на газ, ни на нефть не перекрывала
:)