Стоимости перевозки точно нет в стоимости товара, все отходит по прайсу, отдельного контракта с производителем (как с экспедитором) тоже нет.
Скорее всего производитель заплатил UPS (на коробках были от них документы), а тот в свою очередь отвез авиакомпании. Но это стоимость никуда не упала и я ее нигде не оплачивал. Собственно до этого думал что EXW подразумевает что сам производитель за свой счет отправляет, пока что так вроде и есть. Но расхождения с авианакладной пока еще неясны.

Авиакомпании оплатили мы

.

(Инкотермс - EXW) Данный термин возлагает, таким образом, минимальные обязанности на продавца, и покупатель должен нести все расходы и риски в связи с перевозкой товара от предприятия продавца к месту назначения. Однако, если стороны желают, чтобы продавец взял на себя обязанности по погрузке товара на месте отправки и нес все риски и расходы за такую отгрузку, то это должно быть четко оговорено в соответствующем дополнении к договору купли-продажи (см. Введение п.11). Этот термин не может применяться, когда покупатель не в состоянии выполнить прямо или косвенно экспортные формальности. В этом случае должен использоваться термин FCA, при условии, что продавец согласится нести расходы и риски за отгрузку товара.

Оплатили по получению? Тогда это FCA. А продавец просто передал товар перевозчику.

Соответственно условия поставки скорее всего FCA. Уточнить можете у Продавца. Они же оформляли на экспорт.
Хотя возможно EXW и транспортная компания занималась оформлением на экспорт за Ваши деньги.
Отсюда и может возникнуть разница по стоимости указанной в а/н. Всё из-за того что авиаперевозчики, что экспресс перевозчики не дают точной цифры за перевозку, пока груз к ним не попал в руки. Дают приблизительную цифру рассчитанную на основании тарифов.
Соответственно таможня вправе ставить под сомнение суммы транспортных затрат и не принимать с разбивкой по территриям.
Однако если вопрос принципиален, т.к. платили за транспорт Вы, и есть документы об оплате, можно доказать что подозрение необоснованно и выпуститься по стоимости товара + стоимость транспорта WAW-SVO - 176.3 EUR. Но процесс не быстрый, через корректировку под обеспечение платежей которые могут быть дополнительно начислены и последующий возврат платежей через решение вышестоящего органа или арбитража. Вероятность возврата 99%. Срок на всё про всё от внесения залога, до возврата денег, примерно месяца 3.