Т.е. если я подам ГТД в бумажном виде, у меня ее не примут? А дадут при этом письменный отказ? И не будет ли это нарушением ТК?

Совершенно верно, и будет, и есть нарушением.
Вот только разве мало в истории ФТС было этапов когда при очередной компанейщине таможня плевала на закон.
Вспомните, когда начили таможням ставить планы по количеству брокерских ГТД, как только не ухищрялись, но план делали. И так во всем.
А тут, умный инспектор не станет изобретать велосипед и приметв бумажном виде без оговорок, а не очень умный будет искать способ затянуть, докопаться или еще что придумать, и тупо заставлять подавать в электронном виде. (пока нет национального таможенного законодательства, таможня как хочет так и трактует отслоенные нормы ТК ТС),
Вроде бы прокуратура заинтересовалась планом ГТД по ЭД2 и даже по ШРМ открыли горячую линию. Завтра будет рабочий день посмотрим так ли это.

Лозунг.
 

Этот лозунг будет очень актуален с 1 января, как "закон". Сейчас выпускаемся практически 100% ЭД2, так вот чтобы принести бумагу, надо "Согласовать" с зам.начальника таможенного поста.:D. А про ШРМ, конечно надо по ЭД2 удаленный выпуск, у нас уже практика на посту (поделился инспектор): груз в ДМД, получатель в Норильске, брокер в Красноярске, декларация в Аэропорту Красноярска - выпускаются. Про обеспечение, при оформлении ВТТ, если сумма платежей не превышает 20000 рублей обычно обеспечение не берут, я писал заявление на имя начальника поста, он ставил разрешение и вперед без обеспечения (правда это ВТТ в регионе деятельности одной таможни и при реэкспорте, но думаю роли не играет ВТТ, он и в Африке ВТТ).

Слышал такое мнение, что очень не любит шереметьево подобные схемы. Дескать если бы ты находился далеко, то это более менее понятно, а если из москвы в МО везешь растамаживать, то возникает масса вопросов и препядствий.
Получается какая-то глупая ситуация. Есть желание в официальном порядке завозить запчасти. Если реально эта запчасть стоит 700 долларов, как ее завозить то??? Что то мне подсказывает что в электронном или бумажном виде декларацию не подавай два дня минимум надо закладывать на растаможку в аэропорту. Плюс расходы.

А как вы это собрались делать в обход приказа по компетенции оформления товаров, находящихся в воздушных пунктах пропуска?

ПРИКАЗ от 29 марта 2007 г. N 382
"О КОМПЕТЕНЦИИ ТАМОЖЕННЫХ ОРГАНОВ ПО СОВЕРШЕНИЮ ТАМОЖЕННЫХ ОПЕРАЦИЙ В ОТНОШЕНИИ ТОВАРОВ, ПЕРЕМЕЩАЕМЫХ ВОЗДУШНЫМ ТРАНСПОРТОМ"
(в ред. Приказов ФТС РФ от 30.04.2008 N 521, от 15.07.2008 N 857)

"3. Установить, что таможенные органы, не поименованные в приложении и пункте 2
настоящего Приказа, не обладают правомочиями совершения таможенных операций в
отношении товаров, находящихся в воздушных пунктах пропуска и международных
аэропортах."

http://www.tks.ru/docs/10024038