Статьи 171 и 232 не совсем аналогичны по своим требованиям к разрешаемым таможенным операциям, так что, мне кажется, параллели проводить, между ними не совсем корректно. Если и брать аналогию права, то возьмите гражданские правоотношения, и что там означает право на осмотр. Тем более, таможенное законодательство отсылает, в первую очередь, к гражданскому праву в вопросах терминологии.
Перевозчик, принимая груз к перевозке, осматривает товар. Осмотр - это визуальный внешний осмотр. У перевозчика нет права вскрыть упаковку при осмотре и проверить, что там внутри.

Был назначен 10-проц. досмотр, потом по служебке досмотр увеличили до 100 %, при этом досматривался и взвешивался только один товар, остальные даже не взвешивали, а акт был составлен на все товары. Товар изъят и возбуждено дело. В самом протоколе изъятия, половина значений напечатанных, половина от руки, есть опечатка в дате направления второго экземпляра в наш адрес, аж в три месяца, есть подозрение что дело мнимое, как отстоять правоту?

Так сколько товаров в ДТ было заявлено? Риск сработал только по одному, и только по нему было принято решение о проведении таможенного досмотра? Протокол изъятия декларант как получал - вручался под роспись или направлялся по почте с уведомлением о вручении? Известно какой номер дела? Для проверки "мнимости" дела довольно просто написать официальное письмо начальнику таможни. Хотя по КоАП, декларанту должны были направить копию определения о возбуждении дела об АП или копию протокола об АП. Есть какие-нибудь документы кроме протокола изъятия?

Копия об АП еще не приходила, а на изъятии был представитель, но он не расписывался нигде, кроме копии протокола ничего нет. Риски были по всем товарам, но досматривался только один, а акт был составлен на все товары. Вот таким вот образом.

Если копию протокола изъятия не вручили - это не нарушение, если представитель декларанта не является руководителем компании. Процессуальные документы вручаются или направляются законному представителю (это понятие определено в КоАП), которым в 99% является только руководитель компании. Никакие доверенности здесь не помогут. Копия протокола изъятия направляется по почте с уведомлением о вручении. Техническая ошибка в протоколе изъятия об указании даты направления копии протокола при фактическом соблюдении требований закона не будет признана нигде существенным нарушением и не повлечет незаконность этого действия на этом основании.
Если таможня будет придерживаться указаний ФТС, то на составление определения о возбуждении дела об АП должен будет вызван представитель декларанта. Если будет составляться протокол об АП, то обязательно по КоАП должен быть вызван представитель декларанта.
Основным доказательством в деле будет являться акт таможенного досмотра. Можно попробовать его обжаловать как документ, составленный с нарушением законодательства и признать его незаконным, поскольку налицо неполнота таможенного контроля (вместо 100% проведен частичный). Но этот вопрос не стопроцентный. Если АТД будет признан незаконным, у таможни не будет документа, доказывающего событие АП. В таком случае таможня может провести осмотр товара в рамках дела об АП, и доказательством будет протокол осмотра. Поэтому на незаконность АТД лучше ссылаться в дальнейшем при обжаловании в суде, поскольку таможня уже не сможет устранить этот недостаток.
Но для начала, чтобы удостовериться в наличии АП, лучше связаться с таможней по телефону, а лучше направить запрос о результатах проведенного таможенного контроля.
После протокола изъятия обязательно должно быть либо определение о возбуждении дела АП (если нужно расследование) либо протокол об АП.

Насколько я знаю, сначала должностное лицо, в производстве которого находится дело об АП, должно признать обязательным присутствие законного представителя юр.лица. Пока этого не признано, интересы лица, привлекаемого к ответственности, вправе представлять защитник либо представитель. Разве нет?

Изъятие производится в обязательном присутствии лица, у которого производится изъятие, но есть исключения, когда оно производится в его отсутствие.
Если товары были на СВХ, то изъятие производится у владельца СВХ (товар передан на хранение), если досмотр в ПЗТК, то изъятие производится, как правило, у перевозчика (товар находится в транспортных средствах перевозчика). Как правило, законный представитель декларанта отсутствует (по КоАП - руководитель), но есть лицо по доверенности, которого могут вписать в протокол в качестве лица, присутствующего при изъятии. КоАП не содержит требования об обязательном присутствии при изъятии лица, в отношении которого ведется производство по делу. Однако по тому же КоАП, лицо, в отношении которого возбуждено дело, имеет право участвовать с момента возбуждения дела (т.е. с момента составления протокола изъятия, если пока нет определения АП/протокола об АП). Такое же право имеет и защитник (представитель - это "защитник" потерпевшего по КоАП).
Терминология в КоАП и гражданском праве иногда отличается.

Это всё так. Я другое имел в виду - почему протокол не вручили. представителю лица, привлекаемого к ответственности. Однако, все правильно - протокол вручается либо самому лицу, либо законному представителю

Потому что, копия протокола изъятия вручается только лицу, у которого производится изъятие, а не лицу, в отношении которого ведется производство по делу (за исключением случая, когда эти лица совпадают в одном лице).

А есть ли полномочия у инспектора досматрового отдела требовать у представителя компании трудовой договор, а так же приказ о приеме на работу, помимо уже имеющейся у представителя доверенности?