Чего это?

те, что не поименованы в Соглашении

а товару в вагоне не было.;)

И чо?

Указываются расходы покупателя, не вошедшие в цену, фактически уплаченную или
подлежащую уплате, указанную в графе 11а, то есть не включенные продавцом в
счет-фактуру, выставленный покупателю, но имевшие место в связи с ввозом
оцениваемых товаров на таможенную территорию Таможенного союза и оплаченные
покупателем (или подлежащие оплате).Решение КТС от 20.09.2010 г. № 376 "О порядках декларирования, контроля и корректировки таможенной стоимости товаров"

а ни чо

Не, не думаю, что это основание для отказа в 1 методе.
Это величина дополнительных начислений к цене сделки. Не сама цена.

ну да. мелкие суммы финмониторингу неинтересны.
а таможня типа тока рада будет принять ТС по цене сделки не отминусовав явно прописанный в контракте порожняк.