Да, это порядок контроля за лицензируемыми товарами, где нет определения, что лицензия является только мерой нетарифного регулирования. Кроме того, само понятие "лицензируемые товары" кроме Перечня содержит ссылку на нацзаконодательство.

А ФТС не разродилась по моменту предоставления лицензий чем-нибудь "свеженьким" вроде Письма №01-11/28567 от 16.07.2008?
(там расписано на какой момент какие лицензии и разрешения (отнесенные к "ограничениям, не носящим экономического характера") предоставлялись):
http://www.tks.ru/news/law/2008/09/01/0007

Тут не все так просто. Даже в том старом письме ФТС. "Какой документ" и "Когда представляется" совершенно не означает исполнение обязанности по соблюдению той или иной меры. В какой момент обязанность по соблюдению меры возникает и в какой срок должна быть исполнена в письме нет информации. Ведь можно получить документ в установленном порядке, но когда надо его предъявлять таможенном органу просто забыть о нем.
По поводу когда представляются документы, в принципе, расписано в ТК ТС.

Сейчас получается что еще до ввоза лицензию ( все) надо предоставить в таможню для регистрации и иметь копию при ввозе http://www.tsouz.ru/KTS/KTS28/Pages/R_687.aspx
Пока сомневаюсь только, что нарушение этого порядка влечет само по себе возбуждение дела по АП в отношении декларанта даже если товар прибыл на ТТ ТС. А вот перевозчика формально можно за это обуть по 16.3

Не "для регистрации", а "для постановки на контроль". :) За непредставление лицензии для постановки на контроль нет статьи в главе 16 КоАП.
Перевозчика можно - часть 4.

Освежил в голове это письмо. Из него в частности следовало что все что сейчас в Едином перечне, санитарное, безопасность товаров- это не экономические меры. Но это не соответствовало на том момент закону о ВТР, а экономические меры это только количественные ограничения.
Снйчас по п.п 17 п. 1 ст. 4 не только количественные огараничения, но и иные запреты и ограничения экономического характера. Но что это запреты и ограничения естествено не указывается.

Нет, но наблюдаю сегодня поползновения в связи с завершением года и провалом плана по АП, правда как дополнительный факт И ПОКА В оПРЕДЕЛЕНИИ.