Теперь у меня появился вопрос, ранее в исковом я просила суд признать решение незаконным...его признал ведомственный контроль, а если дополнить фразой "принять таможенную стоимость заявленную Обществом"?

Только не принять,а признать.Но лучше согласовать формулировку с юристами.