территории таможенного союза :D

Тогда бы было - ТТС.:)

Подытожим.
Подача ДТ сначала.
Про досмотр забудьте, он в Вашем случае не нужен.
Когда ДТ подошла к выпуску, подаете транзитную декларацию.
Инспектор вешает ЗПУ.
Вы дожидаетесь выпусков обоих деклараций и вперед.
P.S. Формально можно транзитку после выпуска ДТ подать, но лично я делаю перед выпуском, чтобы придать ускорение инспектору.

Не факт. Мы с Вами, уважаемый коллега, не знаем, есть ли дробление товарной партии, помещенной под процедуру ТС.
Кроме того, представьте, даже без дробления. Некий объем товара помещен под ТС. Фактически. Потом на тот же объем документально заявляется процедура реэкспорта, при этом без досмотра фактически вывозится треть, от ввезенного. Итого : две трети товара, "оставшегося" на ТС, можно "запускать" во внутреннее потребление без уплаты пошлин и налогов.

За это пусть у таможни голова болит.
Для чего нужен досмотр?
Для идентификации.
А в соответствии с условиями помещения товара под таможенную процедуру реэкспорта (статья 297 ТК ТС), идентификация нужна только в случае реэкспорта товаров, помещенных под таможенную процедуру выпуска для внутреннего потребления.
У топикастера товар не помещался под таможенную процедуру выпуска для внутреннего потребления (ИМХО). Поэтому идентификация, и как следствие, досмотр не нужен.
P.S. Хотя сразу оговорюсь, что возможно я не прав. Просто никогда не сталкивался с таможенным складом. Только в теории.

И все?:) Вы немного свободно отождествляете условие помещения под процедуру с целью досмотра, кмк.

Честно говоря, я всегда считал, что досмотр нужен для двух целей:
1 - идентификация товара.
2 - повод выставить счёт от владельца склада за погрузочно-разгрузочные работы.
Может ещё подскажите варианты использования?

Я выше написал. Как вариант. Цель досмотра всегда одна. Проверка соответствия фактического положения вещей, заявленному в ДТ. По всему спектру возможных рисков.
При вывозе по процедуре реэкспорта товаров, ранее размещенных под процедуру ТС ( без уплаты пошлин и налогов) существует риск недостоверного декларирования вывозимых иностранных товаров в части их количества. И введением невывезенного в незаконный оборот без уплаты пошлин и налогов. Мне так кажется.

тогда, наверное, логичнее досмотр делать при помещении товаров под ИМ40... а потом провести проверку системы учета и отчетности товаров на ТС.

На этот счет голова должна болеть у таможни, которая завершает процедуру ТТ.
А на счет - "запуска" в ВП - так это только после подтверждения вывоза якобы вывезенного товара. Вы верите. что таможня - лох в последней стадии? ;)