это "до прибытия в Самару", если по простому.:D

С. 225 ТК ТС Вам в помощь.;)

Если быть точнее, отказ в регистрации.

Вот с такой формулировкой я больше согласна.
Но тогда вопрос. Груз уже выгружен в порту . Но транзита в Самару еще не заявили.
Как отказать в регистрации ПТД в Самаре ?

Поэтому и отказ в выпуске, по факту прибытия. Груз то морем пришел, не?

Формально, инспектор в Самаре не будет знать, ввезен товар или нет, поэтому оснований для отказа в регистрации у него не будет (так как сверить транзитку из 44 графы не сможет, ввиду её отсутствия).
Он будет обязан зарегистрировать ДТ.
После закрытия доставки он выясняет, что ПТД подана после ввоза, пишет докладную на начальника таможни. Тот в рамках ведомственного контроля отменяет решение о регистрации ДТ. Инспектор проставляет код решения по ДТ "82". И всё. Декларант обращается за возвратом сборов.
Хотя на практике не удивлюсь, что инспектор проворонит такую мелочь. :)

Всегда хотел понять, какую цель преследовали создатели ТК ТС в части таких "премудростей" с ПТД?

Все Кодексы писались под "сухопутку". О "море" мало кто задумываются.
Взять хотя бы для примера ситуацию с уведомлением о прибытии товаров на ТТ ТС на судах типа Ро-Ро с а/м с грузом.:(

Просто они подразумевали, что товар, прибывший морем и самолетом будет оформляться где прибыл, а машиной и ж/д пойдёт дальше (поэтому для них и исключения).
Никто же не думал, что с портов транзит открывать будут.

Почему?
Последним абзацем п.3 ст.215 ТК ТС предусматривается такой вариант.:)