Ваше руководство, на мой скромный взгляд, не слишком искушено в логических построениях.
Ровно так же, как водитель не платит "за дутьё в трубочку" ГИБДД ни копейки, ровно так же "импортёр за совершение таможенным органом действий по осуществлении им таможенного контроля не платит таможенному органу ни копейки".

У них щас система управления рисками сама инспектору распоряжение на досмотр выдаёт :rolleyes:

Такшто судиться придётся с компьютером, ежели чего. Так руководству и скажите :D)))

По моему тут все сказано для ответа на вопрос начальства.

При этом мне представляется, что таможне не надо даже в суде" доказывать обоснованность применения рисков". Это Вам надо доказать причинно- следственную связь убытков с действиями и решениями таможни и доказать что эти действия и решения были неправомерны.
Риски это метод. Даже если риска нет, то в суде трудно доказать что эти дейстувия и решения были неправомерны.

а как же сборы за таможенное оформление?)

А это не за контроль, а за "проведение таможенных операций".
А контроль - абсолютно бесплатно. Бонусом, так сказать:D

Как там во всеми любимой комедии...
- Нестор Петрович, а как у вас платят, сдельно или аккордно?
- За что платят?
- Как за что? За то, что я у вас учиться буду!
- Знания у нас дают бесплатно.
- Бесплатно… И много дают?
- На жизнь хватит.
- Тогда я учусь! Куда пройти? :rolleyes:

Таможенные сборы уплачиваются в фиксированной сумме, не зависящей от того, проводится таможенный досмотр либо нет.

А они у Вас сборы "собрали", а оформить забыли? :D)))

Из личного опята. Может поможет. Правда давно это было.
Ситуация ваша 1 в 1. Выставили, обшмонали, ничего не нашли, отпустили по маршруту.
Через N времени прилетает счет от некой ОгОгО на оплату хранения, разрешения, погрузки-выгрузки, перевес, пересчет, копировальные работы....
И все бы ничего, если бы сумма не была астрономической. Не оплатили и созрел замысел. Сидим ждем.
Ожидаемый звонок:
- Это ОгОгО, у вас не оплаченный счет.
- Мы в курсе. Что за ценники у вас, поясните.
- Согласно тарифам.
- Ок, а тарифы ваши можно приземлить? За такие деньги можно пароход досмотреть.
- Нет.
- Ну нет, так нет.

Сухой остаток:
Таможне вы ничего не предъявите. Досмотр - абсолютно законное действие.
А вот коммерческой организации, а счет у вас от коммерческой организации, придется сильно постараться доказывая, что вы находитесь в договорных отношениях и оказали услугу, согласно договора, заказа, прейскуранта. Никогда не докажут. Как и в нашем случае.
Нет договора. Услугу не заказывал.
Форумчанам: Страшилки про то, что "вы больше тут не проедете" и т.д. оставьте для "бедных". Продолжал ездить как ни в чем не бывало.
ПыСы. На сколько мне известно, ОгОгО таки выбила сумму (всю или нет не знаю) с таможни, так как осуществляла работы по ее заказу.

Очень интересно! то есть, с таможней у ООО договор на оплату работ по досмотру вашей машины был? Или вы полагаете, что бухгалтер таможни просто так перевел деньги? В каком регионе эта история произошла?

СЗТУ
Про договор по конкретной моей машине?))) Ну нет, конечно! "Ноги" ищите вокруг: Федеральный закон от 27.11.2010 N 311-ФЗ (ред. от 28.12.2016) "О таможенном регулировании в Российской Федерации"
Статья 201. Хранение товаров на складах временного хранения таможенных органов.
В таможне нет "бухгалтеров" в классическом понимании. Она работает через УФК. Это государева служба, а вы все пытаетесь к ней как к комерсу относиться.
B дело вообще не в этом.
А в том, что в таможню вы не подадите иск, а не оплачивать "навязанные услуги" вполне можете. И аргументация в суде, если дойдет, проста как день: Нет договорных отношений. Услугу не заказывал. Тарифы не согласовывал.