Запросто.
Если в контракте указаны сии филиалы в качестве плательщиков.
Если нет, то банк не сможет привязать платеж к контракту и он зависнет на транзитном счете, пока не отправится благополучно обратно.
Если сам контракт незыблем как гранитная скала (что действительно практикуется), то Автору можно порекомендовать подписать допник с головной компанией, где местные аборигены будут все-таки указаны в качестве возможных плательщиков. Т.о. сам контракт остается незыблемым и легализуются аборигены.
Вообще странно, чтобы в основном контракте ничего не было сказано о филиалах в такой схеме. Надо читать текст для точного понимания диспозиции.