Предоставлять при ввозе вы не обязаны. Пропуск на границе про... инспектор и он за это получит, но это не ваша головная боль.
А по вам возбуждение правомерно.
Подав реэкспорт на товар вы совершили юридически значимые действия зафиксировавшие факт ввоза без лицензии или разрешения.
Исключающий предоставление п.8 не про вас. Так что ловите приход.

1. Положение не обязывает нас представлять какое-либо разрешение при реэкспорте.
2. Лицензия не должна быть на момент ввоза, а должна быть на момент декларирования, если помещение под процедуры того требует. Так уничтожение вообще не требует разрешиловки.

Когда по Вашему мнению было совершено АП - дата ввоза или дата подачи ДТ?

Жаль конечно. Мелочь, но Вы не первый, кто так ошибается.

Опять маховик?
9. Заверенные в соответствии с пунктом 8 настоящего Положения копии лицензии представляются при осуществлении таможенных операций в таможенный орган в соответствии с таможенным законодательством Таможенного союза.

Заверенная таможенным органом копия лицензии либо копия с этого документа представляется в месте прибытия (убытия) совместно с транспортными (перевозочными) и (или) коммерческими документами на каждую партию товара, перемещаемую через таможенную границу Таможенного союза, за исключением случая, указанного в абзаце втором пункта 14 настоящего Положения.

----
При этом, если места прибытия (убытия) товаров и технологий, подлежащих экспортному контролю, в том числе и продукции военного назначения, находятся вне территории государства - члена Таможенного союза, в таможенном органе которого лицензия поставлена на контроль, положения пункта 5 настоящего Положения в части приложения владельцем лицензии к письменному заявлению копии лицевой стороны оригинала лицензии для ее последующего представления в таможенные органы, в регионах деятельности которых расположены места прибытия (убытия) товаров, и абзаца второго пункта 9 настоящего Положения не применяются, если иное не предусмотрено международными договорами в области экспортного контроля и военно-технического сотрудничества, заключёнными в рамках Таможенного союза.

Есть судебная практика по привлечению по 16.3 за ввоз без лицензии,когда привлекали именно за ввоз, а не за отсутствие лицензии при подаче ДТ?

См. п. 8 - после постановки лицензии на контроль. Лицензия на контроль не поставлена (ее можно поставить до момента подачи ДТ), т.е. ее копии, которую необходимо представлять при прибытии нет.

Это я не Вам написал.
У Вас всё очевидно, штрафом отделаетесь, всё опыт.

П. 8 - это я про пункт в Положении.

Мой опыт - оформление товара без лицензии и АП на постконтроле.
Пока таможня дело вела, получил лицензию, поставил на контроль.
От таможни получил штраф в 100000, отбился, но в суде. Малозначительность.

Если бы была заявлена процедура уничтожения, тоже АП было бы?