Таможня требует справки с налоговой о том сколько денег мы вернули? Так должно быть?

Наоборот. Если хотите без НДСа реимпрот оформлять - должны справку с налоговой предъявить, что "не возвращали".
А в Вашей ситуёвине - просто платите, и всё.

Точно.
И если оформляли по разным ГТД, то и ввозить придётся разными (если цена в валюте была).

Были разными ГТД, но в рублях, здесь как?.Хочу 2 ДТ, так как 2 разных контракта..

Так как 2 контракта, то не "хочу", а надо 2 ДТ. (можно больше... Меньше нельзя:D)

:ok:

Итак что мы сделали.Подписали доп соглашения, продлили контракт, и открыли ПС. Оформили письмо на таможню с просьбой рассмотреть данный пакет документов, и ответить можно ли заявить режим реимпорта.Таможня сказала ДА. Дальше начились непонятки со стоимостью, и уплатой ВОЗМЕЩЕННЫХ налогов : был предложен вариант стоимость считать не по 1 методу, по какому вывозилась а на основании рыночной и на НДС нужно насчитать какие то проценты.В итоге рождается 2 письмо, с просьбой разъяснить как будет сформирована таможенная стоимость, и какие налоги нужно уплатить.Да и решили взять справку из налоговой что был возмещен НДС и делаем расчет на ту сумму которую будем возмещать.В-общем как то так.Что скажете?