Желаю в счет авансовых)

вот там и пишите:
зачесть в счет авансовых платежей

Не, меня смущает прочерк (пробел, место, оставленное для заполнения)после этого самого "зачесть в счет авансовых платежей" в форме заявления.
__________________________________________________ _________________________
(наименование, ИНН, КПП, адрес организации
__________________________________________________ _________________________
или инициалы, фамилия, адрес физического лица)
в соответствии со статьей 149 Федерального закона от 27 ноября 2010 г.
N 311-ФЗ "О таможенном регулировании в Российской Федерации" просит вернуть
по коду бюджетной классификации платежных документов на банковский счет ___
либо зачесть в счет авансовых платежей ____________________________________
денежный залог, внесенный по платежным документам _________________________

удаляете ненужное и оставляете только "просит зачесть в счет авансовых платежей денежный залог, внесенный по платежному поручению № от ....г. на сумму....

Благодарю)

подскажите, при возврате на счет всегда вычитают сумму задолженности из суммы обеспечения. а если в заявлении просишь зачесть в счет авансовых они тоже сумму минусуют?

Конечно.
Сначала задолженность спишут, а потом уже остатки вернут или зачтут.

А как же все таки по доверенности подписать заявление, а то директора не вариант в таможню или к нотариусу затащить, деньги вроде как небольшие но деньги? Какие документы прикладывать для подтверждения полномочия подписания вместо директора?

Никакие, не примут по доверенности заявление

Если у Вас в доверенности (подписанной генеральным директором) четко указано право распоряжения денежными средствами на лицевом счете в таможне, то в дополнение к учредительному, оригинал своей доверенности, копию паспорта и подписывайте на здоровье заявление в присутствии инспектора таможни.
Отказ принять такое заявление, в связи с тем что подпись того кто Вам доверенность подписал, ничем (никем) не подтверждена необоснованна (на эту тему был арбитраж таможни и Павловского автозавода кмк ещё до 2010 года. Пошукайте поиском).