Если сейчас товар будет ввезен в Россию (например, Оренбургскую область) с территории Крыма на основании договора между организацией в Крыму и организацией в Оренбурге, надо ли по-вашему подавать на такой товар ДТ на ИМ40?

не

Да хоть контракт с фирмой напротив. Разницы нет, фиолетово это. Главное что границу пересекают Тамсоюза, у меня к примеру в Бушер шли двигатели - стороны Атомэкспорт и наш Электромотор.

Насколько понимаю, пока все организации на территории Крыма не являются юридическими лицами, созданными в соответствии с законодательством государства-члена таможенного союза. Потому, что были созданы в соответствии с законодательством Украины. А Украина - не является государством-членом таможенного союза.
Таким образом, формально, хоть эта территория и включена в состав России - пока юридические лица не будут перерегистрированы (читай - "созданы") в соответствии с законодательством России - они де-юро остаются иностранными лицами для целей применения положений Таможенного кодекса Таможенного союза.

содержательно.

Но де-факто они с момента подписания Путиным О присоединении Крыма являются российскими юр. лицами

да пусть они иностранные лица, дальше то что? чего цитатку то дёргать с цельного документа. ой,понял! они не могут быть декларантом? а какие проблемы то? товар идёт по территории РФ хоть к иностранному лицу, хоть к любому другому. личны мы посылаем по РФ и фамилию (свидетельство о регистрации)не спрашиваем.

ну кто брать то будет платежи и совершать таможенные операции? нет таможни на переправе.

Тоже думали к этому подвести. Но пока речь идет о разграничении на "лиц ТС" и "иностранных лиц" только по принципу "по закону какого государства зарегистрированы". Нет российского ИНН - ну не могут они признаваться лицами ТС. Перерегистрация нужна...

SV хочет сказать, что сейчас поставка Москва - Крым и наоборот проходит без пересечения таможенной границы (если не через Украину). Другими словами - какая таможня без перемещения.