Теория.
:D
Максимальный штраф по 16.2.2 - двукратная сумма подлежащих уплате таможенных пошлин, налогов.
Далее идём к пункту 2 статьи 3.5 КоАП России:
2. Размер административного штрафа не может быть менее ста рублей.
Получается, что если неуплачено 49 рублей (например), то максимальный штраф, который могут наложить - 98 рублей.
Но наложить не могут меньше 100 рублей, а увеличить более двукратного статья 16.2.2 не позволяет.

В 16.2 ч.2 есть и немного другие санкции:
... влечет наложение административного штрафа на граждан и юридических лиц в размере от одной второй до двукратной суммы подлежащих уплате таможенных пошлин, налогов с конфискацией товаров, явившихся предметами административного правонарушения, или без таковой либо конфискацию предметов административного правонарушения; на должностных лиц - от десяти тысяч до двадцати тысяч рублей.

Где-то далеко от меня мир наполнен прекраснодушными должностными лицами.
У меня не было. И по сию пору не слышал о том, чтобы у кого-то было. Но вот сегодня удалось не услышать, так прочесть.)
И по этой причине прекращают дело?
Придётся повториться.

Было как то, вместо штрафа 50000 сделали предупреждение.

Никогда в жизни не видел конфискацию из-за 49 рублей. :D

а КДТ из-за 3 копеек?

Аналогично.
Но ВСЁ бывает в первый раз. ;)
P.S. В большей степени на штраф в отношении должностного лица намекал.

Надо будет тебя познакомить.:)

Нет.
На стадии рассмотрения материалов ОАР не возбуждает АП.

Не-е.
Просто очень ленивыми.:D