Такое впечатление, что приказы ГТК/ФТС писАлись/пишутся людьми, специально обученными в области построения затейливых фразеологических оборотов.
С одной стороны, как SandySoft говорит, "мочь" и "должен", как бы не совсем одно и тоже.
С другой стороны, если тупо проникнуться верой в непогрешимость составителя приказа и с придыханием вновь и вновь декламировать этот абзац, то ...воде как выстраивается вопрос : " Что может быть заявлено в одной ГТД?" и вдруг начинаешь отвечать "товары принадлежащие одной товарной партии". И непроизвольно добавляешь слово "только" в начало мысленного ответа.
Интересно, нельзя было куда-нить вставить это слово в тексте? Или что-нить с глаголом "допускается" замутить?
И ещё. Интересно, для каких таможенных целей нужен запрет на дробление товарной партии, если составители приказа этого добивались? Чего в этом такого кощунственного, с таможенной точки зрения?

С таможенной точки зрения, частичный выпуск - это основное отличие СВХ от ТС

Интересная такая точка зрения.

Логика есть
 

Ну логика проста, зная, как таможенные органы благоволят к СВХ, приказ построен в их интересах:чем дольше груз полежит, тем больше будет стоить хранение.При этом следующий шаг - введение пени за хранение на СВХ-все логично и последовательно!

И самое интересное, что она абсолютно правильная. Только логичнее в исходной фразе слова "СВХ" и "ТС" поменять местами.